Le Conseil du CERN est l'autorité suprême de l’Organisation. Il est responsable de toutes les décisions importantes. Il détermine la politique de l'Organisation dans les domaines scientifique, technique et administratif. Il approuve le programme d'activités, adopte les budgets et contrôle les dépenses.

Le Directeur général, nommé par le Conseil, gère le Laboratoire.